Las especies animales nativas de Galápagos corren grave peligro, muchas especies endémicas están en disminución. Se ven amenazadas por la destrucción de su hábitat y particularmente por la gran cantidad de especies de fauna y flora que las personas han introducido, voluntaria o involuntariamente, en las islas. Entre los animales en peligro de extinción están:
Pinzón del manglar
Petrél de Galapagos
Ratas endémicas
Tiburones
Albatros de Galápagos
Tortuga de la Isla Pinta
Caracoles terrestres
Pingüino de Galápagos
Iguana terrestre de la isla Santa Fe
Pepinos de mar
Desde la llegada del ser humano a las islas, especies y comunidades de plantas nativas y endémicas han sufrido frecuentes alteraciones, principalmente debido a la introducción de especies ajenas que afectaron el delicado equilibrio de los ecosistemas de Galápagos. El uso directo con extracción controlada de ciertas especies pone todavía más presión sobre los ecosistemas. Según el criterio de IUCN (2000), aproximadamente 50-60% de las especies de plantas de Galápagos están amenazadas. Las investigaciones botánicas realizadas por la Estación Científica Charles Darwin está centrada en la protección y la restauración de plantas nativas y endémicas y sus correspondientes ecosistemas en Galápagos. Entre las plantas en peligro de extinción están: